Wideo: Co to jest plik indeksu BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Ostatnio zmodyfikowany: 2023-12-15 23:51
A Plik BAM (. bam ) jest binarną wersją SAM plik . SAM plik (. sam) to tekst rozdzielany tabulatorami plik który zawiera dane dopasowania sekwencji. Indeksowanie : IGV wymaga, aby zarówno SAM, jak i Pliki BAM być posortowane według pozycji i indeksowany , i że pliki indeksowe przestrzegać określonej konwencji nazewnictwa.
Podobnie ludzie pytają, jak otworzyć plik BAM?
Od Plik wybierz menu otwarty i wybierz Pliki BAM z lewej strony. Wybierz przycisk po prawej z napisem Dodaj a Plik BAM . Przejdź do BAM Test Pliki pobrany folder wybierz with_index_with_graph. Kliknij otwarty , wybierz mapę.
Po drugie, jak przekonwertować plik BAM na Fastq? Poniżej znajdują się kroki, aby przekonwertować plik BAM na format FASTQ. To będzie działać na Linuksie i będzie wymagało SAMTOOLS i BEDTOOLS
- Pobierz SAMTOOLS.
- Wyodrębnij za pomocą polecenia tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Utworzy folder o nazwie samtools-version.
- Przejdź do katalogu cd samtools-version.
Podobnie, jak przekonwertować plik BAM na plik SAM?
Do konwertuj SAM do BAM , używamy polecenia samtools view. Musimy określić, że nasz wkład jest w Format SAM (domyślnie oczekuje BAM ) za pomocą opcji -S. Musimy również powiedzieć, że chcemy, aby wyjście było BAM (domyślnie produkuje BAM ) z opcją -b.
Co robi widok Samtools?
Samtools to zestaw narzędzi, które manipulują liniami trasowania w formacie BAM. Importuje i eksportuje do formatu SAM (Sequence Alignment/Map), czy sortowanie, łączenie i indeksowanie oraz umożliwia szybkie pobieranie odczytów w dowolnych regionach. Samtools jest przeznaczony do pracy w strumieniu.
Zalecana:
Co to jest wyjątek indeksu poza granicami w Javie?
Indeks poza granicami Wyjątek. Wyjątek indeksu poza granicami to niesprawdzony wyjątek, który występuje w przypadku błędów w czasie wykonywania. Dzieje się tak z powodu nieprawidłowego parametru przekazanego do metody w kodzie. Kompilator java nie sprawdza błędu podczas kompilacji programu
Jaki jest skrót klawiaturowy dla indeksu dolnego?
Skróty klawiaturowe: stosowanie indeksu górnego lub dolnego Aby uzyskać indeks górny, naciśnij jednocześnie klawisze Ctrl, Shift i znak plus (+). Aby uzyskać indeks dolny, naciśnij jednocześnie Ctrl i znak równości (=)
Jakie jest znaczenie indeksu?
Definicja indeksów to liczba mnoga od indeksu, który jest listą lub wskaźnikiem. Przykładem indeksów są wykazy w książkach telefonicznych. Definicja Twojego słownika i przykład użycia
Co to jest szybkie pełne skanowanie indeksu?
Szybkie skanowanie pełnego indeksu jest alternatywą dla pełnego skanowania tabeli, gdy indeks zawiera wszystkie kolumny potrzebne do zapytania i co najmniej jedną kolumnę w polu. klucz indeksu ma ograniczenie NOT NULL. Szybkie pełne skanowanie uzyskuje dostęp do danych w samym indeksie, bez dostępu do tabeli
Co to jest plik transakcji i plik główny?
Definicja: plik transakcji. plik transakcji. Zbiór rekordów transakcji. Pliki danych transakcji służą do aktualizacji plików głównych, które zawierają dane dotyczące podmiotów organizacji (klientów, pracowników, dostawców itp.)